日本の敗戦後、アメリカに占領されていた期間に、さまざまな怪事件が起った。それは占領軍と日本側の権力筋の強権によって真相解明をおさえられた。「日本の黒い霧」は、これらの出来事を多くの資料と独自の考察によって解明しようとした作品であり、政治のおそろしさを人々に教えたことに大きな意義がある。（上巻粗筋より引用）
朝鮮戦争が発生した一年前には、三鷹事件、下山事件、松川事件など鉄道関係の大事件が続発した。それらの事件の正体は人民にはさっぱり掴めなかった。この「日本の黒い霧」は一連の怪事件を解明するにあたり、アメリカ占領軍の政策変更や謀略を導入したことで画期的な意味を持つノンフィクションである。（下巻粗筋より引用）
【上巻目次】
下山国鉄総裁謀殺論
「もく星」号遭難事件
二大疑獄事件
白鳥事件
ラストヴォロフ事件
革命を売る男・伊藤律
【下巻目次】
征服者とダイヤモンド
帝銀事件の謎
鹿地亘事件
推理・松川事件
追放とレッド・パージ
謀略朝鮮戦争
なぜ『日本の黒い霧』を書いたか― あとがきに代えて ―
『文藝春秋』1960年1月～12月号連載。単行本は全3巻が1960年5月、9月、1961年1月に刊行された。1963年8月、「『日本の黒い霧』・『深層海流』・『現代官僚論』などの業績」によって第6回日本ジャーナリスト会議賞を受賞している。
挙げられた事件は以下。歴史的事件が多いので、概要は省略する。
第二次世界大戦後、日本がまだ占領軍（アメリカ軍）の下にあり独立していなかった事件がほとんどである。執筆時期は、日本が独立してから8年後。まだまだ当時の記憶が生々しかった時期である。1958年、『点と線』がベストセラーになり、松本清張ブームが起きてからわずか2年後に連載されている。人気ベストセラー作家が、推理小説家としての観点・推理力も交えながら、大量の資料を元に書かれた本作は当然ベストセラーになり、「黒い霧」という言葉が流行語になり、疑惑を表す言葉とし定着している（例えば、1966年の黒い霧解散）。
松本清張はあとがきで、「だれもが一様にいうのは、松本は反米的な意図でこれを書いたのではないか、との言葉である。これは、占領中の不思議な事件は、何もかもアメリカ占領軍の謀略であるという一律の構成で片づけているような印象を持たれているためらしい」と書いていて、その反論として「最初から反米的な意識で試みたのでは少しもない。また当初から「占領軍の謀略」というコンパスを用いて、すべての事件を分割したのでもない。そういう印象になったのは、それぞれの事件を追及してみて、帰納的にそういう結果になったにすぎないのである」と書いている。
とはいえ、やはり何でもかんでもアメリカ占領軍が関与したという結論だな、という印象が強い。特に、事件の影にGHQ内部でのGS（民政局）とG2（参謀第2部）による主導権争いがあったという事件が多いのも、やはりそちらの方向に流れるように推理していったのではないか、という印象を受ける。実際のところ、日銀のダイヤが減った話などは戦争前に軍隊や政治家が横領していたと思われる（まあ、そのことも書いているが）。朝鮮戦争は、今では韓国とアメリカ軍ではなく、北朝鮮とソ連軍側から先制攻撃したことが明らかになっている。白鳥事件もやはり当時の日本共産党側の組織的犯行とみられる資料・証言が出ている。伊藤律＝スパイ説も否定されているし、下山事件や松川事件でも反論が出ている。
とはいえ、本書の歴史的価値は揺るがない。本書がベストセラーになり、当時の重大事件が改めて表に出てきたこともあるし、研究が進んだといっていいだろう。その推理手法も含め、一読すべきノンフィクションである。
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